בעת הערכת בטיחות המזון, ההתמקדות העיקרית חייבת להיות בזיהוי והבנת סיכונים פוטנציאליים. חוקרים ברחבי העולם סיווגו את הסכנות הללו לשלושה סוגים עיקריים: ביולוגי, פיזי וכימי. בין אלה, הסיכונים הביולוגיים נחשבים למשמעותיים ביותר, במיוחד במזון מעובד. עם זאת, מאמצים לחסל סיכונים ביולוגיים יכולים לפעמים להוביל להגברת סיכונים פיזיים וכימיים אם לא מטופלים כראוי. לדוגמה, חומרים משמרים כימיים מתווספים לעתים קרובות למזון מעובד כדי למנוע סכנות מיקרוביאליות, אך שימוש יתר או שימוש לרעה בחומרים משמרים אלה עלולים להכניס סיכונים כימיים חדשים. לכן, בטיחות המזון המעובד קשורה קשר הדוק לשיטות המשמשות בעיבודם, כאשר לטכניקת העיבוד הנבחרת תפקיד קריטי בקביעת הבטיחות הכוללת של המזון.